Ubongo Junior 3D je založeno na stejném principu. Rozdíl je v tom, že skládačka je trojrozměrná. Děti od 5 let tak skládají věž do výšky.

V první řadě mají děti za úkol zakrýt na kartě světlou plochu herními dílky. Poté se snaží na již hotové základně ze svých zbývajících dílků postavit co nejvyšší věž. To vše v časovém limitu.

Jakmile vyprší čas, změří si výšku svých věží pomocí speciálního žirafometru a obdrží odpovídající počet drahokamů.

Vítězí ten, kdo má po 6 kolech nejvíce drahokamů.

Vybrat si mohou ze 4 stupňů obtížnosti - hra je tak hodně variabilní a napínavá.

Druhé vydání se od starší verze liší pouze novým grafickým zpracováním. Komponenty i princip hry jsou stejné.

Hra Ubongo Junior 3D obsahuje: 50 karet se 100 zadáními, 32 herních dílků 3D, 120 drahokamů, žirafometr, přesýpací hodiny, plátěný sáček a pravidla.